在伏地魔复活的那个可怕夜晚之后，哈利·波特的暑假过得异常压抑。魔法部部长康奈利·福吉拒绝相信黑魔头归来的事实，反而通过《预言家日报》散布谣言，将哈利描绘成一个寻求关注的撒谎者。整个巫师社会都在怀疑的目光中审视这个十五岁的男孩，甚至连他在霍格沃茨的朋友们也开始动摇。
当哈利回到霍格沃茨时，他发现学校已经不再是从前那个避风港。魔法部派遣了多洛雷斯·乌姆里奇担任黑魔法防御术教授，这位穿着粉红色套装、表面甜美的女巫实际上是福吉安插在学校的眼线。她推行的教学大纲完全是纸上谈兵，拒绝教授任何实用的防御魔法，只让学生们阅读枯燥的理论书籍。更糟糕的是，她逐步攫取了学校的权力，成为霍格沃茨高级调查官，限制学生们的一切自由活动。
在这种压迫的氛围下，赫敏提议成立一个秘密的防御魔法学习小组，让哈利来教大家真正有用的咒语和技巧。起初哈利并不自信，但在好友们的鼓励下，他同意了这个计划。二十多名学生在猪头酒吧集会，签署了保密协议，成立了后来被称为邓布利多军的组织。他们在有求必应屋进行秘密训练，哈利教授从缴械咒到守护神咒的各种实用魔法，这些课程不仅提升了大家的能力，也让哈利第一次体会到作为领导者的责任感。
与此同时，哈利的伤疤频繁作痛，他开始在梦中看到伏地魔的所思所想。原来他和黑魔头之间存在着某种精神连接，这让哈利既能窥探敌人的计划，也让他的思想容易被入侵。伏地魔一直在寻找魔法部神秘事务司中的一个预言球，那里记录着一个关于他和哈利的古老预言。黑魔头需要哈利亲自去取，因为只有预言中提到的人才能触碰它。
圣诞假期后，哈利在梦中看到小天狼星在神秘事务司遭到伏地魔的折磨。他冲动地相信了这个幻象，带领罗恩、赫敏、纳威、卢娜和金妮前往魔法部营救。然而这是一个圈套——伏地魔利用他们的连接制造了假象。当六个年轻的巫师在预言厅与十几名食死徒对峙时，一场惊心动魄的战斗爆发了。孩子们英勇抵抗，但最终寡不敌众，幸好凤凰社成员及时赶到。在混战中，小天狼星被表亲贝拉特里克斯·莱斯特兰奇击中，坠入死亡之幕，永远离开了哈利。
悲痛欲绝的哈利追赶贝拉特里克斯来到中庭，在那里他见证了邓布利多与伏地魔之间的惊天对决。两位最强大的巫师展开了魔法史上罕见的决斗，最终伏地魔夺舍哈利的身体试图让邓布利多杀死他，但哈利内心对小天狼星的爱驱散了黑魔头的意识。魔法部的官员们亲眼目睹了伏地魔的存在，福吉不得不承认自己错了。预言的内容最终揭示：哈利和伏地魔中只有一人能够生存，他们注定要在未来进行最终的对决。尽管失去了教父，哈利在朋友们的陪伴下坚强地面对着命运的安排，准备迎接即将到来的黑暗时刻。
